Монастир засновано в 1164 р. Олексієм Комніним, сином Феодори (молодшої доньки імператора Олексія І Комніна) і Константина Ангела. Монастирська церква має п’ять куполів. У фресках храму (відкриті у першій половині ХХ ст.) відбилося нове для візантійського мистецтва прагнення виразити Божественне, наблизивши його до світу людських понять. Сцени повні драматизму, виконані дуже емоційно і є доступними глядачеві. Багато рис розпису стали ознаками «динамічного стилю», який домінував у візантійському мистецтві 2-ої половини ХІІ століття. Розписи храму в Нерезі створювалися в епоху складних богословських суперечок, в ході яких були поставлені під сумнів догмати про незлитне і нероздільне єднання в Христі Божественної і людської природи та про єдність Іпостасей Пресвятої Тройці, про істинність жертви Євхаристії (Константинопольської собори 1156-1157, 1166 рр.). Як видимий доказ істинності цих догматів в розписі зіставлені різні ікони Христа, акцентована тема страстей Христових хрестом, терновим вінцем, голубом і Євангелієм («Оплакування» і «Зняття х хреста» домінують в просторі), в центральній апсиді представлено символічне зображення Святої Тройці - Етімасія (престіл, приготований для Христа, Який прийде судити людство).